膜系統(tǒng)是按連續(xù)運行作為設計基準的，但在實際操作時，總會有一定頻度的開機和停機。
當膜系統(tǒng)停機時，必須用其產水或經過預處理合格的水進行低壓沖洗，從膜元件中置換掉高濃度但含阻垢劑的濃水。
還應采取措施預防系統(tǒng)內水漏掉而引入空氣，因為元件失水干掉的話，可能會產生不可逆的產水通量損失。
如果停機小于24小時，則無需采取預防微生物滋生的措施。但停機時間超過上述規(guī)定，應采用保護液作系統(tǒng)保存或定時沖洗膜系統(tǒng)。
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